工程款支付的款项包括：工程预付款、工程进度款、工程结算款、工程费用、工程质量保修金及设备质量保修金等。
1.对厂房工程，应记入工程成本，与工程款均通过在建工程科目核算，完工后转入固定资产。
2.如为预付工程款，收到结算单或发票后将预付账款转在建工程，工程完工后全部结转到固定资产。
3.从达到预计可使用状态开始计提折旧。
工程款是承包人进行工程施工，发包人应支付的合同价款，工程款按支付阶段不同通常可分为预付款、进度款、竣工结算款和质保金。
预付款：预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。
进度款：进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。在工程实践中，发包人同意支付进度一般为合同价的70%，进度款有三种支付方式：一是按形象进度分阶段支付。二是按照已完工程量分期间支付。三是按照阶段及期间混合支付。
结算款：结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。
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