角色逝世
编辑
在單行本第47冊裡，竟出現松阪老師的男友行田德郎在南美洲的自殺炸彈恐怖襲擊中罹難的情節；當德郎的教授到日本向松阪老師致意時，除了對自己邀請德郎到那麼危險的國家工作感到自責外，也要求松阪老師“千萬不能隨德郎而去”。松阪老師露出了堅強的神色，表示絕對不可能作出這種事來。但是當教授走後，松阪老師從附近草叢裡拿出了威士忌來，一邊喝著一邊流淚一邊說：「德郎先生……我馬上就要到你那裏去了。（徳郎さん…もうすぐあなたの所へ行くからね。）」
這在讀者間掀起很大的爭議，為何與一貫的喜劇性質背道而馳。而後松阪老師在酒醉之際遇上麻煩，被三木拳擊館負責人看上，同意拳擊賽的要求和訓練，但是是抱著「連死都不怕」的心情。在比賽中，松阪老師屢次正面接受攻擊，呈現一面倒的狀態。此時，小新帶來德郎給松阪老師的信，幼稚園的人也趕到勸阻，教練在一旁讀信，松阪老師也跟著內容振作起來。最後拳擊賽在小新的「黃色呼喊」下結束。電視動畫方面也因為此原因沒有播出第45卷～第47卷的內容，同時也更改了德郎醫生的設定，在電視動畫版中德郎還是有去海外工作，但並沒有發生恐怖襲擊罹難的經歷。
中國大陸出版問題
编辑
本作漫画和动画音像出版物在中国大陆原来均为陕西师范大学出版社发行，但是因为政府意识形态的保守，动画遭到打压，漫画也仅仅引进到第32卷。而后该出版社版权到期，漫画版权被连环画出版社夺得（当时出版方在接受媒体采访时强调，《蜡笔小新》在日本定位是“青年漫画”，因此，新版会删除一些不适合的内容[15]），计划交由北京中少动漫制作发行，但由于中少动漫力求再现原作内容，迟迟无法通过新闻出版署的审批。2011年，漫画版权再度转手至世界图书出版公司北京公司，但7月该公司又将版权交给了現代出版社。2012年1月，该出版社以《蜡笔小新成人怀旧绘本》为名出版了全套25卷的简体中文版本，大致上该版本的一卷包含原版单行本两卷内容，但内容上有所删改，章节顺序相对原版单行本亦有所改动[16]。
中國大陸商標問題
编辑
1997年，中國大陸的多家企業在未徵得雙葉社的同意前，擅自先行把「蜡笔小新」這個名稱註冊成為商標[17]。因此，雙葉社的產品在中國大陸不能採用「蠟筆小新」來作為商標，而要使用「Shinchan」這個名字[18]。
2004年，雙葉社在中國大陸發售的衣料品及其他商品，被先佔用「蜡笔小新」的中國大陸公司控告「侵權」，並要求有關商店撤走有關「仿冒商品」[17]。2005年1月，双葉社以由第三者擁有的商標是否有效而提出訴訟[19]。
2006年9月，北京市第一中级人民法院驳回这起诉讼，原因是双叶社尽管持有《蜡笔小新》商标的著作权，但在中国大陸不能销售商品。双葉社认为该判决不公，而向北京市高级人民法院提出上诉。[20]